Die Bronx in den 60er Jahren: Gesellschaftlicher Wandel durchzieht das Land und macht auch vor der katholischen St.-Nicholas-Schule nicht Halt – auch wenn Schwester Aloysius als Direktorin eine erzkonservative Linie vertritt. Sie setzt auf eiserne Disziplin, bei der die Schüler zu den Erwachsenen aufschauen. Der junge, charismatische Pater Flynn steht dem Neuen wesentlich aufgeschlossener gegenüber – sehr zum Missfallen von Schwester Aloysius. Als der erste schwarze Schüler an die Schule kommt, meint sie, dass sich Pater Flynn zu sehr um ihn kümmert. Bald hat sie einen schrecklichen Verdacht. Sexueller Missbrauch steht im Raum. Schwester Aloysius startet ihren eigenen Kreuzzug gegen Pater Flynn und den Zeitgeist...